از اهداف تأسیس پژوهشکده می توان به تبیین معارف ناب اسلام و پالایش و پیرایش فرهنگ دینی از پیرایه‌های جمود و التقاط متناسب با مخاطب و همراه با رویکرد مسأله‌محوری. توسعه و توانمندسازی علوم اسلامی برای تبیین نظام‌مند اسلام و ارائه الگوهای کارآمد فردی و اجتماعی متناسب با نیازهای جامعه معاصر و تولید علم دینی و بومی. تأمین پشتوانه‌های علمی برای نظام‌بخشی و کارآمدسازی حکومت دینی با تکیه بر مدل ولایت فقیه. پاسخ‌گویى به سؤالات و شبهات و دفاع از مبانى و باورهاى دینى با رویکرد مخاطب‌محوری. اشاره کرد.
لازه به ذکر است در افتتاح پژوهشکده حجت السلام و المسلمین روستا آزاد معاون فرهنگی تبلیغی، حجت الاسلام و المسلمین ثنایی رییس دفتر حوزه ریاست و مسئولین دفتر تبلیغات اسلامی اصفهان حضور داشتند.
