وی با اشاره به این که هر کار علمی روش و فرآیندی دارد، عنوان داشت: لازم است روش‌شناسی هر مبحث علمی روشن شود و روش‌شناسی شامل روش، هدف، مبانی، اصول و… می‌شود.
حجت الاسلام و المسلمین رضایی تصریح کرد: شناخت این موارد به محقق کمک می‌کند که راه کوتاه‌تر و درست را انتخاب کند و از انحراف در بحث علمی پرهیز نماید و پاسخ به شبهات نیز از این قاعده مستثنی نیست.
وی با بیان مفهوم شبهه، گفت: شبهه عبارت است از بیان مطالب یا پرسش به صورتی که حق و باطل مخلوط شود و دیگران را به اشتباه بیاندازد که یکی از شگردهای غرب در راستای شبهه افکنی این است که منابع اهل سنت را گرفته و به کل مسلمانان تعمیم می دهند و از این طریق در دین اسلام تشکیک انداخته و شبهه می افکنند.
پژوهشگر و مفسر قرآن قرآن به اهداف پاسخگویی شبهات اشاره کرد و از حق محوری، عقل مداری، علم مداری و اخلاق گرایی به عنوان مبانی پاسخ به شبهات نام برد و تأکید کرد: از آیات دیگر قرآن و سنت اهل بیت علیهم السلام استفاده می‌شود که باید اصولی نظیر محققانه، منصفانه، مؤدبانه و در پی نیت خوانی نبودن در هر بحث علمی مسلمانان حاکم باشند.
وی افزود: روش پاسخگویی به شبهات و پرسش های متعدد برای یک شبهه، محدودیت علم مادر پاسخ، ساده سازی و ابهت شکنی شبهه، جلوگیری از شاخه به شاخه شدن بحث وجداسازی مقام علمی ازاجرا باید مورد توجه قرارگیرد.
حجت السلام رضایی افزود: شیوه های اجرایی متفاوتی در پاسخ به پرسش و دفع شبهه وجود دارد ولی به نظر می‌رسد که توجه به نکات مثبت، تبارشناسی شبهه، استخراج مبانی و پیش فرض های شبهه، تحلیل شبهه، توجه به لوازم و نتایج شبهه و جواب نقضی و حلی از موضوعاتی است که باید درروش بحث علمی دردفع شبهات مدنظر قرارگیرد.
وی با توجه به ماهیت شبهه که خلطی از حق وباطل است، عنوان داشت: در مقام پاسخگو باید همه حقیقت رادراختیار جوانان قراردهیم چون که کسانیکه شبهه می اندازند بخشی ازحقیقت رامی گویند وبخشی از حقیقت رامخفی می کنند.
